1990 m. Elena Leontjeva kartu su penkiais bendraminčiais įkūrė Lietuvos laisvosios rinkos institutą, kuris tuo metu buvo viena iš pirmųjų privačių, pelno nesiekiančių organizacijų.

 

1993-iais ji buvo išrinkta LLRI prezidente ir ėjo šias pareigas iki 2001 m. Aktyvi Elenos Leontjevos veikla kuriant kapitalo rinkos teisinius pamatus, vykdant bankų sistemos reformą ir įtvirtinant Valiutų tarybos modelį pelnė oficialių sluoksnių pripažinimą. 1994 m. Elena Leontjeva tapo Vyriausybės patarėja ekonomikos reformos klausimais ir ėjo šias pareigas net esant septynioms Vyriausybėms.1998–1999 m. ji buvo Lietuvos Prezidento Valdo Adamkaus patarėja ekonomikos klausimais. Elena Leontjeva ypač prisidėjo vykdant mokesčių, socialinės apsaugos ir administracinę reformas, pastaroji žinoma Saulėlydžio ir Saulėtekio vardu. Daug jos darbų publikuota spaudoje.

 

2001 m. lapkritį Elena Leontjeva paliko LLRI prezidentės postą ir šiuo metu daugiausia laiko skiria kūrybai. Šiuo metu ji yra LLRI tarybos pirmininkė.