Rūta Vainienė institute dirba nuo pat jo įkūrimo 1990 m. ir buvo pirmoji jo darbuotoja. Ji yra valstybės finansų, mokesčių ir pinigų politikos, bankininkystės, rinkos ekonomikos reformų ekspertė. 1999-2004 m. Rūta Vainienė vadovavo LLRI ekspertų komandai. 2005-2007 m. dirbo Vilniaus mero A. Zuoko ekonomikos patarėja. 2005-2009 m. Mykolo Romerio universitete dėstė makroekonomiką, viešojo sektoriaus ekonomiką ir tarptautinę bankininkystę. 2007 metais Rūta tapo suburto geriausių Europos laisvarinkiškų institutų koalicijos „Už laisvą Europą“ (angl. – Coalition for a Free Europe). Biudžeto ir mokesčių grupės vadove. 2008-2011 m. Rūta Vainienė vadovavo institutui, o pasibaigus LLRI prezidento kadencijai ji toliau dirba specialiąja eksperte ir vadovauja instituto strateginiams projektams.
 
Rūtos dėka LLRI pasiekė svarbių laimėjimų Lietuvos ekonominės ir pinigų politikos, mokesčių sistemos, valstybės finansų reformos srityse. 1991-1992 m. ji dalyvavo kuriant teisinę bazę Lietuvos vertybinių popierių rinkai. 1998-2004 m. buvo Lietuvos banko valdybos narė. Rūta Vainienė dalyvauja Saulėtekio ir Saulėlydžio komisijų veikloje. Nuo 2010 m. ji yra Lietuvos sveikatos mokslų universiteto tarybos narė.
 
Rūta Vainienė Vilniaus universitete įgijo ekonomisto specialybę. Ji stažavosi Vokietijos centriniame banke, Niujorko Federalinių rezervų banke, Tarptautiniame valiutos fonde, JAV ekonomikos reikalų institute ir Hudson institute.
 
Rūta Vainienė yra „Ekonomikos terminų žodyno“ (2005), kelių šimtų straipsnių ir publikacijų autorė, ilgametė neetatinė Lietuvos radijo komentatorė.