Šiuo metu Vyriausybės parengta ir Seime svarstoma aukštojo mokslo pertvarka dažnai siejama, o kartais net ir tapatinama su studijų apmokestinimu. Reformos priešininkai teigia, kad įgyvendinus siūlomą mokslo ir studijų pertvarką aukštasis mokslas daliai studentų taps mokamas ir todėl, anot jų, neteisingas. Deja, dalį tiesos tokie teiginiai nutyli.
Visų pirma aukštasis mokslas valstybinėse aukštosiose mokyklose, kaip numatyta parengtoje pertvarkoje, jau dabar daliai studentų yra mokamas. Šiuo metu galimybę mokėti už studijas visą kainą turi tie, kurie neįstojo į valstybės finansuojamas vietas. Jei būtų įgyvendinta reforma, galimybę mokėti už studijas visą kainą turėtų tie, kurie negautų valstybės finansavimo (vadinamojo „krepšelio“).
LR Konstitucinis Teismas 2008 metų kovo 20 dienos nutarime yra pareiškęs, kad valstybinės aukštosios mokyklos, jei nuo to nesuprastės studijų kokybė, gali priimti kiek nori savo lėšomis už studijas mokančių studentų. Viena vertus, taip įgyvendinama konstitucinė žmogaus teisė siekti aukštojo mokslo pagal sugebėjimus net ir tuomet, kai valstybė jo nefinansuoja todėl, kad tai viršija valstybės poreikius ar galimybes. Kita vertus, taip įgyvendinama aukštųjų mokyklų autonomija. Jeigu aukštoji mokykla turi galimybių suteikti valstybės nustatytus kokybės standartus atitinkantį išsilavinimą, tačiau asmenys, studijuojantys ne už valstybės lėšas, negalėtų būti priimami, tai nepagrįstai ribotų aukštojo mokslo prieinamumą.
Remdamasis šiais argumentais Konstitucinis Teismas įtvirtino, kad valstybinėms aukštosioms mokykloms negali būti draudžiama priimti visą studijų kainą norinčius mokėti studentus. Todėl klaidinga teigti, kad siūloma reforma apmokestintų aukštąjį mokslą. Jau šiandien studijos studijuojantiems ne valstybės finansuojamose vietose yra mokamos, kadangi kiekvienas valstybinis universitetas turi teisę priimti ne tik už valstybės, bet ir savo lėšomis studijuojančius žmones. Statistikos departamento duomenimis, 2007-2008 mokslo metais kolegijose iš 60 tūkst. beveik 55 proc. studentų, o universitetuose iš 112 tūkst. beveik 46 proc. bakalauro studijų pakopos studentų studijavo savo lėšomis.
Antra, iš ką tik minėto Konstitucinio Teismo nutarimo sekanti išvada, kad kokia bebūtų aukštojo mokslo reforma – ar būtų įgyvendinta dabartinės Vyriausybės parengta, ar bet kokia kita alternatyvi – joje privalėtų likti mokamas aukštasis mokslas, o tiksliau, galimybė siekti aukštojo mokslo savo lėšomis, jei negavai valstybės finansavimo. Todėl jeigu dabar rengiamos reformos kritikai švietimo ir mokslo ministro atsistatydinimo reikalavo už siekį apmokestinti aukštąjį mokslą, tai praktiškai niekas dabar nebegalėtų eiti švietimo ir mokslo ministro pareigų, nes niekas negalėtų uždrausti mokamo aukštojo mokslo galimybės, nebent pakeistų Konstituciją ar būtų galimybė atšaukti Konstitucinio teismo nutarimą.
Taigi galimybė už savo studijas mokėti visą kainą pačiam nėra reformos esmė. Jos tikroji esmė yra būdo, kaip bus paskirstomos valstybės finansuojamos studijų vietos aukštosioms mokykloms, pakeitimas. Paslaugos teikėjas dėmesį kreipia į tą, kurio sprendimas atneša pinigus. Iki šiol sprendimą, kiek aukštoji mokykla turės valstybės finansuojamų studijų vietų, priimdavo švietimo ir mokslo ministerijos tarnautojai. Po reformos, sprendimus priims studentai. Atitinkamai turėtų pakrypti ir aukštųjų mokyklų kaklai – į studentų poreikius, o ne ministerijos valdininkų poreikius.
